生物有机肥因其特殊的性质，在使用时应注意以下几点：
1
肥料包装袋打开以后不宜放置太久，应尽早施用，过久会影响肥效，最佳使用时期一般不要超过6个月。
2
生物肥不能与杀虫剂、杀菌剂、除草剂等农药混合，如一定要用，生物肥应提前或延后72小时使用。
3
生物肥不适宜与碳铵、草木灰、含“硫”元素肥料(如硫酸钾、硫酸铵等)混合施用，以免影响菌肥肥效。
4
生物肥在作基肥时，应及时覆土并和土拌匀，以发挥最大肥效。