1.使用合格的微生物肥料。 
劣质产品，有效活菌数量不符合要求的指标，其他细菌含量高或已过期的产品。
2.尽量减少肥料中微生物的死亡。 
避免阳光直射在细菌肥料上。混合种子时，应在阴凉处操作。种子混合后，应及时播种并立即用土壤覆盖。 
通常，细菌肥料不能与有害农药和化学肥料混合。 
3.创造合适的土壤环境。 
应在中和土壤酸度后在酸性土壤上施用。 
土壤太干时，应及时灌溉。 
大雨后，应及时清除田间水，以提高土壤的渗透性。 
4.根据当地情况，促进不同微生物肥料的应用。 
例如，根瘤菌肥料应广泛用于豆类作物。磷和钾微生物肥料应施用于高养分潜力的土壤。