1、看原料选择
有机肥的原料品类较多，质量也良莠不齐，效果差别也很大。常用的有畜禽粪便、以及饼粕等，木质素类原料的有机肥虽然有机质含量较高，但由于木质素在土壤中分解很困难，用其做肥料效果可想而知。
2、选择腐熟有机肥
新鲜的农家肥施入土壤后，所含的有机态养分不能立即被作物吸收利用，并且未经腐熟的农家肥施入土壤后，由于未腐熟的有机肥含有病菌，虫卵和杂草种子，且在腐熟过程中产生高温和有机酸，严重危害作物的正常生长,所以有机肥必须经过完全腐熟后才能施用。
3、选择合适的有机肥
在种植瓜类、番茄等生长期长的蔬菜作物时，不要单纯使用商品有机肥，也不能单纯凭价格来衡量或者选择某种有机肥。按照作物需要后期追施化肥，可以避免商品有机肥持效期短的缺点。