有机肥可有效改善土壤的水、肥、气、热状况，增强土壤保水保肥能力，有利于耕作及作物的生长发育，但在施用中要讲究科学、掌握要点，否则有机肥反而会成作物生长的“障碍“。
一、分阶段施肥方式
    在有机肥施用过程中，前三年需多施肥深施肥，刚开始土壤处于缺肥状态，需先把土壤“喂饱”，才能确保今后营养的吸收和利用，但三年后，施肥方式应转变为浅层施肥法。下图为以黄瓜为例，对施肥方式做了6种处理。实验证明，有机肥与生物肥混合翻在表面的施肥方法最好，作物没有病害且产量高，非常值得推广。
有机肥施用后需被细菌分解才能被土壤吸收，如施用到根部以下，土壤环境不透气，细菌无法得到分解，会降低土壤微生物的活性，阻碍有机肥的吸收，进而影响作物的健康生长。
二、有机肥的最佳使用方法
有机肥分为未发酵肥料、完全发酵肥料、半发酵肥料及高温腐熟肥料。未发酵肥料和半发酵肥料最好施用在土壤表层250px内，并且于种植前20天提前使用，浇足水，控制土壤温度在35℃以下，使肥料在土壤中充分腐熟、分解，不但能活跃土壤微生物，固定延长肥效，而且能产生大量提高作物品质的小分子营养物质；完全发酵肥料可随时使用并且肥效比高温腐熟肥料要长。